桑耶寺壁画内容丰富，大殿和甬道回廊里均绘满了各种题材的壁画。除了一些你在其他寺庙里也能看到的传统的宗教绘画外，在桑耶寺乌尤大殿内围墙中层廊道上还有著名的“西藏史”壁画，画中记载了从远古传说中的藏族如何诞生开始，一直到宗喀巴创立格鲁派。此于九世达赖业绩。壁画长92米，洋洋洒洒，恢弘壮丽，被誉为西藏的“绘画史记”。此外，在乌尤大殿一层和二层有“桑耶寺史记”，二层的南侧有“莲花生传记”等精美壁画。
